Plantas incluindo briófitos, líquenes e fungos de Portugal, do resto da Europa, de outros continentes e de ilhas Atlânticas, do Índico e do Pacífico constituem o espólio deste museu, cujas colecções históricas remontam ao século XVIII, coligidas em expedições e viagens em África, Brasil, Ásia e Timor. O Jardim Botânico tem uma área de 4 ha onde se observam espécimes vegetais oriundos de diversas partes do Mundo, entre as quais sobressaem Cicadácias, Gimnospérmicas, palmeiras e figueiras tropicais. Sementes de espécies raras e ameaçadas são preservadas no Banco de Sementes. O Jardim Botânico representa um património de inegável interesse do ponto de vista histórico, cultural e científico. É sua missão contribuir para o conhecimento científico de plantas e fungos, da sua biodiversidade, conservação, propondo métodos de gestão do ambiente. O Jardim Botânico deve ainda permitir a aproximação da sociedade a plantas e fungos  base da vida na terra  proporcionando o aumento da literacia científica das comunidades, sendo um local único para a divulgação e formação científicas.